Roteiro de Partida Rápida: Lançando o NAMD-Agent Após um Reinício

Roteiro de Partida Rápida: Lançando o NAMD-Agent

Este guia detalha a sequência de passos necessários para reativar o ambiente de trabalho e executar o pipeline NAMD-Agent após um reinício do sistema.

Fase 1: Preparação do Ambiente no Terminal

Estes comandos preparam seu terminal, ativando o ambiente correto e configurando as variáveis necessárias.

1. Abrir um Novo Terminal

Use o atalho Ctrl + Alt + T para abrir uma nova janela de terminal.

2. Ativar o Ambiente Conda

Este é o passo mais importante. Ele "liga" o nosso ambiente de software científico isolado.

conda activate namd
Verificação: O prompt do seu terminal deve mudar para indicar que o ambiente está ativo:
(namd) fabio@fabio-IdeaPad-3-15IML05:~$

3. Navegar para o Diretório do Projeto

O servidor Jupyter deve ser iniciado a partir da pasta raiz do projeto NAMD-Agent.

cd ~/Documentos/NAMD_AGENT

4. Definir a Chave de API

Esta variável é perdida a cada reinício e precisa ser definida novamente para que o agente possa se autenticar com os serviços do Google.

# Lembre-se de substituir 'SUA_CHAVE_DE_API_AQUI' pela sua chave real export GOOGLE_API_KEY='SUA_CHAVE_DE_API_AQUI'

Fase 2: Lançamento e Execução do Pipeline no Jupyter

Com o terminal pronto, agora iniciamos a interface de controle e executamos o notebook.

1. Iniciar o Servidor Jupyter

Este comando lança a aplicação web do Jupyter Notebook.

jupyter notebook

Uma nova aba será aberta automaticamente no seu navegador.

2. Executar o Fluxo no Notebook

Na interface do Jupyter que apareceu no seu navegador:

  1. Abra o Notebook: Navegue clicando em new_rag/ e depois em namd_agent_master.ipynb.
  2. Selecione o Kernel Correto: Esta é a etapa crucial para evitar o ModuleNotFoundError. No menu superior, vá para:
    Kernel → Change Kernel → Python (namd).
    Isso garante que o notebook use o "motor" que instalamos e validamos.
  3. Execute as Células em Ordem:
    • Execute a Célula 1 (com as correções de caminho que já fizemos) pressionando Shift + Enter.
    • Execute a Célula 2 (com as correções de importação) pressionando Shift + Enter.
    • Execute a Célula 3 que criamos para gerar o seu arquivo job_custom_cnfd.yml customizado.
    • Execute a Célula 4 final para chamar a função charmm_gui_solution(...).
O que esperar: Ao executar a última célula, uma nova janela de terminal e uma nova janela do Firefox devem aparecer. O processo de automação da simulação terá início. Agora é só monitorar o progresso. Você está em modo de produção!

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